1994-1997’de üniversitedeki görevlerin yanı sıra, İstanbul Büyükşehir Belediyesinde Başdanışmanlık yaptı. 1999-2003 yılları arasında, Beykent Üniversitesi'nde; Rektör Yardımcılığı, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Dekanlığı ve Sosyal Bilimler Enstitüsü Müdürlüğü görevlerini yürüttü.
11 Nisan 2003 tarihinde Başbakan Başmüşaviri, 21 Ekim 2003 tarihinde de Başbakanlık Müsteşarı oldu. 2005'te YÖK Genel Kurulu, Ömer Dinçer hakkında "İşletme Yönetimine Giriş isimli kitabında aşırma yaptığı" gerekçesiyle, "üniversite öğretim mesleğinden çıkarma cezası" verdi. 2008'de Ankara 1. İdare Mahkemesi intihal gerçekleşmiştir hükmü ile, Ömer Dinçer'in, YÖK tarafından "intihal" yaptığına ilişkin verdiği karara yaptığı itirazı reddetti. 22 Temmuz 2007 milletvekili genel seçimlerinde İstanbul milletvekili seçildi. 1 Mayıs 2009 tarihinde
Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı'na atandı.